양도소득세가 같은게 정상이지만 취득가액 적용에서 한쪽은 환산가액으로 한쪽은 실거래가액으로 하여 차이가 발생한게 아닌가 생각됩니다.. 이런 경우는 양쪽 신고서를 비교하여 보면 될거 같습니다.. 그리고 만약 한쪽에서는 취득계약서가 없어서 환산가액으로 신고 했지만 다른 한쪽은 취득계약서가 있어서 실거래가로 신고하였다면 과소신고한 쪽이 추가로 양도소득세가 고지될 수 있습니다. 양도소득세가 적게 나온쪽은 환산가액으로 신고한 것으로 생각됩니다. 상가건물은 기준시가 계산시 감가상각을 고려하므로 공시지가가 크게 올라가지 않는 이상 취득과 양도시 기준시가 차이가 크게 발생하지 않는 다면 환산가액으로 신고하는 경우가 유리할 수 있습니다..




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양도소득세님께서 쓴 글
 

안녕하세요,양도소득세문의
친구와공동으로투자하여상가을구입 1/2씩[30년전]재개발로 현금청산자로 선택,
2]보상금2억원씩,  양도소득세을 세무사을통하여세무서에신고[각자]
3]한사람은양도세1500만원
4]또한사람은양도세2500만원 세무서에납부
5]본인은2500만원납부 이상해서 내세무사에게 이야기하니 자기계산한것이 맟고 상대방세무사가잘못계산한것이라고한다
6]이런경우 어떻게하면좋습니까?